Thermo Scientific appliedbiosystems SeqStudio Flex Series User Manual page 10

Contents
Run a spectral calibration . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 310
Perform an install run . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 328
■
CHAPTER 13 Maintain the Instrument . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 354
Maintenance schedule . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 354
Maintenance wizard overview . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 359
Clean the instrument . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 361
Export consumables log files . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 363
Install buffers (wizard) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 363
Replenish, change, flush, and store polymer (wizards) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 370
10
Example spatial profiles . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 308
Export spatial calibration results or report . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 309
Overview of spectral calibration . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 310
When to perform a spectral calibration . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 311
System dye sets versus custom dye sets . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 312
™
Using BigDye Direct Cycle Sequencing Kit chemistry . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 312
Estimated spectral calibration run times . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 313
Prepare for custom dye set spectral calibration . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 314
Prepare for spectral calibration . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 314
Perform a spectral calibration . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 316
View spectral calibration results . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 317
Example spectral calibration data . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 324
Export spectral calibration logs or report . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 325
View and export the spectral calibration history . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 326
Overview of install run . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 329
When to perform an install run . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 329
Estimated install run times . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 330
Prepare for the install run . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 330
Perform an install run . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 333
View sequencing install run results . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 334
View fragment analysis install run results . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 347
View, export, or delete an install run history . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 352
Review upcoming maintenance . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 355
Daily instrument maintenance tasks . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 356
Monthly instrument maintenance tasks . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 357
Annual planned maintenance tasks . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 358
As-needed instrument maintenance tasks . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 358
Install the anode buffer container (ABC) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 364
Install the cathode buffer container (CBC) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 367
Precautions for use . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 370
Replenish polymer or change polymer type (wizard) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 370
Store partially used polymer . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 371
SeqStudio ™ Flex Series Genetic Analyzer with Instrument Software v1.0 User Guide