Applied Biosystems 7900HT User Manual page 8

Appendix A Software Reference
Importing Plate Document Setup Table Files . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A-2
Setup Table Files . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A-4
Exporting Graphics . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A-16
Exporting Plate Document Data . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A-16
Operating the SDS Software from a Command Line . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A-18
Using the Search Tool . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A-20
Connecting SDS Software to the Database . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A-22
Appendix B Designing TaqMan Reagent-Based Assays
Assay Development Guidelines . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . B-2
Design Tips for Allelic Discrimination Assays . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . B-5
Design Tips for Quantitative PCR Assays . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . B-6
Appendix C Kits, Reagents, and Consumables
Interchangeable Sample Block Modules and Accessories . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C-2
Consumables and Disposables . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C-3
Instrument Maintenance and Verification . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C-5
TaqMan Pre-Developed Assays and Reagents . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C-6
Custom Oligonucleotide Synthesis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C-6
viii Applied Biosystems 7900HT Fast Real-Time PCR System and SDS Enterprise Database User Guide
September 1, 2004 11:40 am, 4351684ATOC.fm
1. File Version . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A-5
Plate Characteristics . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A-5
2. Plate Size . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A-5
3. Plate ID . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A-5
Detector Definitions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A-6
4. Number of Detectors . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A-6
5. Detectors List Header . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A-6
6. Detectors List . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A-7
Marker Definitions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A-8
7. Number of Markers (Allelic Discrimination Only) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A-8
8. Markers List Header (Allelic Discrimination Only) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A-8
9. Markers List (Allelic Discrimination Only) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A-9
Well-Detector Information . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A-10
10. Well-Detector List Header . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A-10
11. Well-Detector Definition List . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A-10
Well-Marker Information . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A-12
12. Well-Marker List Header (Allelic Discrimination Only) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A-12
13. Well-Marker Definition List (Allelic Discrimination Only) . . . . . . . . . . . . . . . . . A-12
Example Setup Table Files . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A-14
DRAFT