Applied Biosystems 7900HT User Manual page 179

Analyzing Real-Time Data
In This Chapter
Applied Biosystems 7900HT Fast Real-Time PCR System and SDS Enterprise Database User Guide
Notes for Database Users . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6-2
Real-Time Runs on the 7900HT Instrument . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6-4
Section 6.1 Absolute Quantification . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6-5
Overview . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6-6
Before You Begin . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6-8
Analysis Checklist . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6-9
Opening the Run Data . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6-10
Analyzing the Data . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6-11
Viewing Results. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6-13
After the Analysis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6-14
Section 6.2 Relative Quantification . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6-15
Overview . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6-16
Essential Experimental Components. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6-20
Getting Started. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6-21
Analysis Checklist . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6-22
Options for Analyzing Relative Quantification Data . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6-23
Creating the Study . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6-23
Analyzing the Study . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6-26
Viewing Results. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6-31
After the Analysis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6-35
Section 6.3 Dissociation Curve Analysis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6-37
Overview . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6-38
Before You Begin . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6-39
Analysis Checklist . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6-40
Opening the Run Data . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6-41
Analyzing the Run Data . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6-41
Determining T Values for the Analyzed Run . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6-42
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After the Analysis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6-44
Section 6.4 Procedure Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6-45
Setting the Baseline and Threshold Values . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6-46
Eliminating Outlying Amplification . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6-49
After the Analysis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6-52
DRAFT
September 1, 2004 11:39 am, CH_Real-Time.fm
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