Applied Biosystems 7900HT User Manual page 5

Chapter 4 Operating the Instrument
Notes for Database Users . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4-2
Before You Begin . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4-4
Section 4.1 Consumable Preparation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4-5
Preventing Contamination . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4-6
Compatible Consumables . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4-6
Preparing Optical Plates for Use . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4-8
Preparing TaqMan Low Density Arrays for Use . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4-10
Section 4.2 Running an Individual Plate . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4-23
Saving the Plate Document . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4-24
Running a Single Plate (Using the SDS Software) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4-25
After the Run . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4-29
Section 4.3 Automated Operation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4-31
Operating the Software with an SDS Enterprise Database . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4-32
Operating the Software without an SDS Enterprise Database . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4-34
Running Plates Using the Automation Controller Software . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4-41
After the Run . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4-44
Chapter 5 Analyzing End-Point Data
End-Point Runs on the 7900HT Instrument . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5-2
Notes for Database Users . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5-3
Section 5.1 Allelic Discrimination . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5-5
Overview . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5-6
Before You Begin . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5-9
Analysis Checklist . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5-10
Opening the Run Data . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5-11
Analyzing an Allelic Discrimination Run . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5-12
Calling and Scrutinizing Allelic Discrimination Data . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5-13
After the Analysis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5-18
Applied Biosystems 7900HT Fast Real-Time PCR System and SDS Enterprise Database User Guide
About the Low Density Arrays . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4-10
About the Centrifuge System . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4-12
About the Sealer . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4-14
Loading the TaqMan Low Density Arrays . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4-14
Centrifuging the TaqMan Low Density Arrays . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4-16
Sealing the TaqMan Low Density Arrays . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4-19
Adding a Plate Document to the Plate Queue (Using the SDS Software) . . . . . . 4-35
Creating Plate Documents Using the Template Batch Utility . . . . . . . . . . . . . . . . 4-36
Starting and Configuring the Automation Controller Software for Operation . . . . 4-39
Loading Plates onto the Plate Handler . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4-41
Running the Instrument . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4-43
DRAFT
September 1, 2004 11:40 am, 4351684ATOC.fm
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