Thermo Scientific Applied Biosystems QuantStudio 6 Pro User Manual page 8

Contents
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CHAPTER 7 Calibrate and verify instrument performance . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 84
Instrument and block calibration . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 84
Calibration and verification schedule . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 85
Calibration descriptions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 86
View the calibration status and set reminders . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 87
Export a calibration report . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 89
Perform ROI/uniformity, background, and dye calibrations for plate blocks . . . . . . . . . . . . 89
Perform ROI/uniformity, background, dye, and normalization calibrations for the
TaqMan
Perform verification using RNase P plates . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 103
Perform verification using RNase P with a TaqMan
Calibrate custom dyes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 113
Calibrate for a custom melt curve run . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 120
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QuantStudio
View the calibration status on the instrument . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 87
Set calibration frequency and reminders on the instrument . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 88
View calibration status and set reminders on the Connect platform . . . . . . . . . . . . . . 88
Review calibration status . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 89
Calibration workflow . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 90
Prepare a calibration plate . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 90
Perform calibrations . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 91
View the calibration images . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 93
Transfer calibration results . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 94
Transfer calibration data files . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 94
Troubleshoot calibration failure . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 95
Identify contamination . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 95
Create a background plate (optional) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 96
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Array Card block . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 97
Calibration workflow . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 97
Prepare a calibration TaqMan
Perform calibrations . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 100
View the calibration images . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 101
Troubleshoot normalization calibration failure . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 102
Instrument verification description . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 104
RNase P instrument verification plate . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 104
Performance specifications pass criteria . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 105
Prepare an RNase P plate . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 105
Perform RNase P verification . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 106
Troubleshoot verification failure . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 107
RNase P instrument verification TaqMan
Prepare an RNase P TaqMan
Perform RNase P verification . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 112
Overview of custom dyes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 113
Use a dilution series to determine an optimal custom dye concentration . . . . . . . . . 114
Calibrate the custom dye . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 117
™ 6 Pro Real-Time PCR System and QuantStudio
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Array Card . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 98
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Array Card . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 108
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Array Card . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 109
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Array Card . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 110
™ 7 Pro Real-Time PCR System User Guide