Thermo Scientific Applied Biosystems SeqStudio Genetic Analyzer User Manual page 9

Software troubleshooting . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 181
Service tools . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 183
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APPENDIX B Link the instrument to your Connect cloud-
based platform account-detailed instructions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 184
Workflow: Set up the instrument for Connect cloud-based platform access . . . . . . . . . . . 184
Network requirements . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 184
Link the instrument from a mobile device . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 185
Link the instrument using a link code . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 186
Set up email notifications from the instrument . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 190
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APPENDIX C Dye calibration and install standard checks . . . . . . . . . 192
Calibrate dyes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 192
Perform an install run . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 203
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APPENDIX D Create and run an HID plate . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 212
HID analysis requirements . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 212
Pull-up reduction feature . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 213
Resolution algorithm . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 214
Workflow: HID analysis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 215
HID install run . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 215
HID run module, dye sets, size standard definitions, and kits . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 216
Manage kits (HID applications only) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 217
SeqStudio Genetic Analyzer Instrument and Software User Guide
™
Create a Connect cloud-based platform PIN and generate the QR code on
the instrument . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 185
Register the instrument with the Instrument Connect App . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 186
Overview of system dye set and custom dye set calibration . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 192
System versus custom dyes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 192
Factory, auto, and manual calibration . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 193
Determine if manual calibration is required . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 193
Perform a system dye calibration . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 195
Perform a custom dye calibration . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 197
View the dye calibration history . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 201
Import or export a custom dye set . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 202
Overview of install checks . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 203
Perform an install run . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 204
View install run results . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 205
Export the install run report . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 208
View the install run history . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 210
Contents
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