Thermo Scientific Applied Biosystems SeqStudio Genetic Analyzer User Manual page 8

Contents
Manage storage space . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 153
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CHAPTER 11 Maintain the instrument . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 156
Regular maintenance tasks . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 156
Manage the cartridge . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 158
Install cathode buffer . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 166
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APPENDIX A Troubleshooting . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 169
Troubleshooting resources . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 169
Troubleshooting workflow . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 170
Export log files for plates, install runs, injections, and instrument . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 170
View the raw data and the EPT plot . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 171
Data quality alerts . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 171
Sizecalling and basecalling quality alerts . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 171
Check size standard quality . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 172
Instrument troubleshooting . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 173
Cartridge troubleshooting . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 174
Sample and data troubleshooting . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 175
EPT data . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 180
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Create your own local instrument profile . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 153
Change your own local instrument profile PIN . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 153
Automatic file cleanup . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 153
Export or delete a plate setup (PSM file) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 154
Export results from the instrument (sample data files and QC reports) . . . . . . . . . . 154
Delete a run history . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 155
Back up user data (plates and results) (administrator only) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 155
Check the cathode buffer fill level . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 156
Clean the instrument exterior and touchscreen . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 157
Clean the autosampler . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 157
Cartridge storage . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 158
Set cartridge storage mode (administrator only) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 159
Check or export the Instrument-cartridge history . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 160
Check or export the cartridge history . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 160
Fill the capillary array and refresh the polymer delivery system . . . . . . . . . . . . . . . . 161
Remove the cartridge . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 161
Insert the cartridge . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 161
Store the cartridge . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 163
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SeqStudio Integrated Capillary Protector . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 164
Long-term on-instrument cartridge storage . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 165
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SeqStudio Genetic Analyzer Cathode Buffer Container storage . . . . . . . . . . . . . . . . 166
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Remove the SeqStudio
Assemble the SeqStudio
Insert the Cathode Buffer Container . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 167
Genetic Analyzer Cathode Buffer Container . . . . . . . . . . . . 166
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Genetic Analyzer Cathode Buffer Container (CBC) . . . . . 166
SeqStudio Genetic Analyzer Instrument and Software User Guide
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