Thermo Scientific Applied Biosystems SeqStudio Genetic Analyzer User Manual page 6

Contents
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CHAPTER 7 Start and monitor a run . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 92
Load the plate or the tube assembly . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 92
Select a plate setup and start a run . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 93
Lock the touchscreen . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 95
Monitor a run from the Connect cloud-based platform . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 95
Monitor a run from a mobile device . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 103
Monitor a run from the instrument . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 105
Unload the plate or the tube assembly . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 109
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CHAPTER 8 View and analyze results . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 110
View results in the Remote Monitoring App on the Connect cloud-based platform . . . . . 110
View results on the instrument . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 111
Export results from the instrument (sample data files and QC reports) . . . . . . . . . . . . . . . 121
Analyze data . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 121
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CHAPTER 9 Manage the software (Plate Manager) . . . . . . . . . . . . . . . . 122
Add a custom dye calibration to the Plate Manager . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 122
Download a plate setup template as a CSV file . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 122
Save a plate setup as a PDF . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 123
Save a plate setup as a CSV file . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 123
Create a plate setup template . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 123
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Automatic file cleanup . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 94
Open the Remote Monitoring App from Instrument Connect App . . . . . . . . . . . . . . . . 95
Open the Remote Monitoring App from the Plate Manager . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 97
View notifications from the instrument on your Connect cloud-based
platform account . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 99
View results in the Remote Monitoring App on the Connect cloud-based platform . . 99
(Optional) View the injection list, change injection settings or order, or
specify replicates and re-injections . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 105
View the run status . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 105
View real-time results . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 106
Pause a plate or cancel or stop injections . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 106
View results when the run is completed . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 107
View results when the run is completed . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 111
Fragment/HID analysis results . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 113
Sequence analysis results . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 115
EPT plot . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 117
View results for a previously run plate (run history) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 118
Data quality alerts . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 119
Sizecalling and basecalling quality alerts . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 119
Edit injection parameters and re-inject samples . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 120
Export a report (QC report) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 120
SeqStudio Genetic Analyzer Instrument and Software User Guide
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