Thermo Scientific Applied Biosystems SeqStudio Genetic Analyzer User Manual page 5

Sign a dye calibration or an install run . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 64
View E-signature records for a dye calibration or an install run . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 64
Signing in after automatic screen locking . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 64
Use the instrument when the SAE server is offline . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 65
Auditing of imported plate setups . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 65
SAE error messages and actions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 66
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CHAPTER 5 Create or modify a plate setup from the
Plate Manager . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 67
Overview of plate setup settings . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 67
Set up a plate using default settings (Plate Manager) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 69
Additional plate settings (Plate Manager) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 74
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CHAPTER 6 Create or modify a plate setup from the instrument . . 77
PSM and CSV plate setup files for import into the instrument . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 78
Shared (public), hidden (my plates), and guest plate setup files . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 79
Overview of plate setup settings . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 79
(Optional) Set up for auto export of sample data files (AB1 and FSA) . . . . . . . . . . . . . . . . . . 80
Set up a plate using default settings (instrument) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 81
Set optional plate settings (instrument) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 87
SeqStudio Genetic Analyzer Instrument and Software User Guide
™
Access the Plate Manager on the Connect cloud-based platform . . . . . . . . . . . . . . . . . 69
Access the Plate Manager on the desktop . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 69
Create or open a plate setup PSM file . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 69
Enter plate properties . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 70
Assign wells: Sample and run information . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 71
Keyboard shortcuts for the sample table . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 72
Save a plate setup in the Plate Manager . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 73
Specify replicate injections . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 74
Edit analysis settings . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 75
Modify the default file name convention . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 75
Hide or share a plate (Plate setup security) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 76
Define custom fields . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 76
Create or import a plate setup . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 81
Enter plate properties . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 82
Assign wells: run module, size standard, dye set, and kit . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 84
Assign wells: sample name, sample type, and custom fields . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 86
Specify replicate injections . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 87
Modify analysis settings . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 87
Modify the default file name convention . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 88
Hide or share a plate (Plate setup security) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 89
Define custom fields . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 89
(Optional) View the injection list, change injection settings or order, or
specify replicates and re-injections . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 91
Contents
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