Thermo Scientific Ion 520 User Manual page 4

Contents
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CHAPTER 4 Start the Ion Chef
Materials required . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 24
Dilute the library . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 24
Prepare the consumables . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 25
Add the diluted libraries to the Ion Chef
Load the Ion Chef
Start the Ion Chef
Unload the chip for sequencing . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 42
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CHAPTER 5
Ion S5
Before you begin . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 46
When a manual cleaning of the sequencer is required . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 46
Initialize the sequencer . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 47
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CHAPTER 6 Start the sequencing run . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 49
Chip handling guidelines . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 49
Start the sequencing run . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 49
Maintain the sequencer . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 52
Reagent consumables disposal . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 52
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CHAPTER 7 Clean the Ion Chef
About the cleaning protocol . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 54
Materials required . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 54
Clean the Ion Chef
4
Guidelines for library dilution . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 25
Dilute the sample library . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 25
Dilute the control library . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 25
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System . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 27
Load the tip racks and PCR Plate . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 28
Load the Reagents and Solutions cartridges . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 29
Load the Recovery Tubes and Enrichment Cartridge v2 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 31
Load the Chip-loading centrifuge . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 33
Confirm that consumables are correctly installed . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 35
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Ion Chef pre-run checklist . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 36
™
run . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 37
Initialize the sequencer . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 45
™ ™
/Ion GeneStudio S5 Systems component positions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 45
Materials required . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 52
Clean or decontaminate the sequencer . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 52
CO scrubber removal and disposal . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 52
2
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Recycle Ion S5 ExT Wash Solution and Ion S5
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Instrument . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 54
Remove and dispose of used consumables . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 55
Inspect and clean the Recovery centrifuges and buckets . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 57
Start the cleaning . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 58
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run . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 24
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Library Sample Tube . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 26
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System . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 54
Ion 520
Cleaning Solution bottles . . . . . . . 53
™ & Ion 530 ™ ExT Kit − Chef User Guide