Thermo Scientific Applied Biosystems QuantStudio User Manual page 4

Contents
Prepare the digital PCR reactions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 22
Load the chips using the QuantStudio
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CHAPTER 4 Thermal cycle the chips . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 32
Materials required . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 32
Prepare the thermal cycler . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 32
Guidelines for handling loaded chips . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 35
Perform the PCR . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 36
Unload the thermal cycler . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 38
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CHAPTER 5 Image and analyze the chips . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 40
About imaging and primary analysis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 40
About the instrument interface . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 41
Chip imaging . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 42
Primary analysis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 46
Using the QuantStudio
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Determine the optimal dilution when the target is known . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 21
Determine the optimal dilution when the target is unknown . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 22
Required materials . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 22
Guidelines for dPCR sample preparation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 22
Recommended DNA volume and concentration . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 23
Prepare the dPCR reaction mix for each sample . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 23
Materials required . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 24
Chip loader status light . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 25
Prepare the chip loading workspace . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 25
Prepare the syringe containing the Immersion Fluid . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 26
Load and seal the chips . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 27
Fill the chip case with Immersion Fluid . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 30
Seal the chip case with the label . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 31
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QuantStudio 3D System data flow . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 40
Materials required . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 42
Guidelines for imaging multiple chips . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 42
Specify the data destination . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 42
Image the chips . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 43
About imaging data and primary analysis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 46
About the results screen . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 47
Data quality flags . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 48
About data files . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 48
Transfer the results . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 49
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3D AnalysisSuite
Access the software from a Connect cloud-based platform account . . . . . . . . . . . . . 51
Access the software from the server . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 51
Obtain information from the Help system . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 53
™
3D Digital PCR Chip Loader . . . . . . . . . . . . . . . . . 24
™
Software . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 51
QuantStudio ™ 3D Digital PCR System User Guide