Table Of Contents - Thermo Scientific LTQ Series Hardware Manual

Contents
Chapter 1
Chapter 2
Chapter 3
Thermo Scientific
Preface . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . xxi
Related Documentation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . xxii
Getting a Trap-HCD License . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . xxii
Getting a New License Code . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .xxiii
Installing a New License Code. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . xxiv
Safety and Special Notices . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . xxv
Contacting Us . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . xxvi
Introduction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .1
LTQ Series Mass Spectrometers . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1
Overview of an LC/MS Analysis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4
Functional Description. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .7
Overview . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7
Syringe Pump . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 9
Divert/Inject Valve . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 10
LEDs and Button . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 10
Divert Valve Positions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 11
Injection Valve Operation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 11
Mass Spectrometer . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 12
LEDs. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 13
Power Panel. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 14
API Source . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 15
Ion Source Interface . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 15
Ion Optics . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 20
Mass Analyzer . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 23
Ion Detection Systems. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 26
Vacuum System. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 27
Inlet Gases Hardware . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 31
Cooling Fans . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 32
System Shutdown, Startup, and Reset . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .33
Shutting Down the System in an Emergency. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 33
Opening the Tune Plus Window. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 34
Placing the Mass Spectrometer in Standby Mode . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 35
Turning On the Mass Spectrometer . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 36
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LTQ Series Hardware Manual xiii