Table Of Contents - Thermo Scientific ETD Getting Started Manual

Contents
Chapter 1
Chapter 2
Chapter 3
Chapter 4
Thermo Scientific
Preface . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .xiii
Related Documentation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .xiii
Safety and Special Notices . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .xiv
Contacting Us . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . xv
Introduction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .1
Electron Transfer Dissociation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2
Types of Experiments . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2
LTQ XL and LTQ Velos Experiment Types . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4
ETD Experiment Types . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4
Tuning and Calibration. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5
Diagnostics . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5
Setting Up the Xcalibur Instrument Configuration . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .7
Adding the MS Detector to the Xcalibur Instrument Configuration . . . . . . . . . . 7
Specifying the Reagent Ion Source for the MS Detector . . . . . . . . . . . . . . . . . . 10
Tuning . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .13
Opening the Tune Plus Window. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 13
Tuning the Reagent Ion Optics . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 14
Automatic Tuning of the Reagent Ion Optics . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 15
Manually Tuning the Reagent Ion Source . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 19
Semi-Automatically Tuning the Reagent Ion Optics . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 22
Viewing the Reagent Ion Optics Settings. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 24
Saving the ETD Tune Method . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 24
Daily Operation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .25
Before Operating the LTQ XL/ETD or LTQ Velos/ETD System. . . . . . . . . . . 25
Checking the System Mode . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 25
Checking the Vacuum Pressure . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 26
Checking the Gas Supplies . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 27
Turning On the Reagent Ion Source . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 28
After Operating the System . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 31
Placing the System in Standby Mode. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 31
Purging the Oil in the Fore Pump . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 32
MS/ETD System Getting Started Guide
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