Thermo Scientific ETD Getting Started Manual page 11

Figures
Figure 1.
Figure 2.
Figure 3.
Figure 4.
Figure 5.
Figure 6.
Figure 7.
Figure 8.
Figure 9.
Figure 10.
Figure 11.
Figure 12.
Figure 13.
Figure 14.
Figure 15.
Figure 16.
Figure 17.
Figure 18.
Figure 19.
Figure 20.
Figure 21.
Figure 22.
Figure 23.
Figure 24.
Figure 25.
Figure 26.
Figure 27.
Figure 28.
Figure 29.
Figure 30.
Figure 31.
Figure 32.
Figure 33.
Figure 34.
Thermo Fisher Scientific
LTQ XL/ETD system New Method page . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3
Thermo Foundation Instrument Configuration window . . . . . . . . . . . . . . . . . . 8
Thermo Foundation Instrument Configuration window with configured
devices . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 9
LTQ XL Configuration dialog box . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 10
LTQ Velos Configuration dialog box with the reagent ion source
configuration . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 11
LTQ Velos Configuration dialog box with the low vial temperature option
selected . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 11
Tune Plus window . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 14
Reagent Ion Source dialog box . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 16
Spectrum displayed in Tune Plus . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 17
Automatic page in the Tune dialog box . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 18
Reagent Ion Optics dialog box . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 20
Manual page in the Tune dialog box. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 20
Graph view of the reagent ion source tuning in the Tune Plus window
for the LTQ XL . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 21
Semi-Automatic page in the Tune dialog box . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 23
Reagent Ion Optics dialog box . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 24
Ion Trap page . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 26
Reagent page. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 27
Reagent Ion Source dialog box . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 28
Fluoranthene radical anion mass spectrum . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 30
Reagent Ion Source dialog box . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 31
Ion Trap page in the Injection Control dialog box . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 33
Reagent page in the Injection Control dialog box . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 34
Define Scan dialog box . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 36
Activation Type list in the Define Scan dialog box . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 36
ETD MS/MS spectrum of Angiotensin I . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 37
Tune dialog box for ETD . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 38
Reagent Ion Reaction Time page in the Tune dialog box . . . . . . . . . . . . . . . . . 39
Xcalibur Roadmap view of the Home Page . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 42
Instrument Setup window for Thermo EASY-nLC. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 43
New Method page for the LTQ XL/ETD system . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 44
Nth Order Double Play dialog box . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 44
Nth Order Double Play with ETD template. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 45
Data Dependent Settings dialog box. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 46
Activation parameters . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 46
MS/ETD System Getting Started Guide
F
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