Table Of Contents - BIO RAD QX200 Instruction Manual

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Chapter 1. QX200 Droplet Digital PCR System . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1
1.1 Introduction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1
1.2 System Components . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2
1.3 Droplet Digital PCR Workflow . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4
1.4 System Setup and General Operation Instructions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4
Chapter 2. Using the QX200 Droplet Reader . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5
Chapter 3. Using QuantaSoft Software . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 9
3.1 Setup. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 10
3.1.1 Using the Well Editor . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 11
3.1.2 Using the Experiment Editor . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 12
3.1.3 Using the Advanced Options . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 13
3.2 Run . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 13
3.3 Analyze . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 14
3.3.1 Viewing Channel Data. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 16
3.3.2 Viewing Scatter Plots . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 18
3.3.3 Viewing Concentration Data . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 19
3.3.4 Viewing Copy Number Data . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 20
3.3.5 Viewing Ratio Data . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 20
3.3.6 Viewing Events . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 21
3.3.7 Simulation Mode. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 21
Chapter 4. Specifications and Maintenance . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 23
4.1 Specifications . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 23
4.2 Maintenance . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 24
4.2.1 General Maintenance Procedures. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 24
4.2.2 Replacing Droplet Reader Oil and Removing Waste. . . . . . . . . . . . . 24
4.2.3 Error Codes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 26
Appendix A. Ordering Information . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 27
QX200 Droplet Reader System Maintenance Log . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 30
QX200 Droplet Reader and QuantaSoft Software Instruction Manual | v