Baker Ruskinn OxyGenie User Manual

Mini-incubator for cell culture studies

Advertisement

Quick Links

 
 
User Manual UM-049
 
 
OxyGenie™
 
OxyGenie™
Affix Serial Number Sticker Here 
 

Advertisement

Table of Contents
loading
Need help?

Need help?

Do you have a question about the OxyGenie and is the answer not in the manual?

Questions and answers

Summary of Contents for Baker Ruskinn OxyGenie

  • Page 1     User Manual UM-049     OxyGenie™   OxyGenie™ Affix Serial Number Sticker Here   ...
  • Page 2: Table Of Contents

    SYMBOLS .............................  7   TRANSPORT AND STORAGE ........................  8   ENVIRONMENTAL OPERATING CONDITIONS  .................. 8  OXYGENIE™ OVERVIEW ..........................  9   BACKGROUND  .............................  9   HOW TO USE OXYGENIE™  ........................  1 0  POWER SUPPLY .............................  1 1  GAS BOTTLE FITTING  ..........................  1 2  GAS BOTTLES  ............................  1 4  GAS BOTTLE ASSEMBLY  .........................  1 5 ...
  • Page 3 Unit 8&9 / York Park / Bridgend, United Kingdom / CF31 3TB  +44 (0) 1656 645688 / Fax: +44 (0) 1656 667966 / sales@ruskinn.com /     www.bakerruskinn.com  CHECKLIST .............................  4 0  WARRANTY INFORMATION........................  4 1  DISPOSAL INFORMATION  ........................  4 2  CONTACT DETAILS  ..........................  4 3    TABLE OF FIGURES  Figure 1 ‐ Power Supply ........................  1 1  Figure 2 ‐ Power display messages .......................  1 1  Figure 3 – Filling station to gas cylinder  ....................  1 3  Figure 4 ‐ Filling sttion to bottle  ......................  1 3  Figure 5 ‐ Control knob opening ......................  1 3  Figure 6 ‐ Gas bottle assembly ...
  • Page 4: Introduction

        INTRODUCTION  Please read this manual carefully before using the OxyGenie™ and familiarise yourself with all aspects of  using  the  product.  The  Baker  Company  (Baker)  or  Ruskinn  Technology  Ltd  (Ruskinn)  does  not  accept  responsibility for accidents to personnel or damage to the OxyGenie™ resulting from incorrect use.   Many unique features of the OxyGenie™ are covered in detail in this manual. It is recommended that the  user  be  fully  conversant  with  the  instruction  and  procedures,  and  that  the  operator  familiarises  themselves with all aspects and functions of the system before it is commissioned to maintain optimum  performance.        ...
  • Page 5: Safety Instructions

         SAFETY INSTRUCTIONS  Baker and/or Ruskinn do not take any responsibility for damages caused by using the equipment for other  purposes than described in this user manual.   This is a Class A product (for industrial environments). In a residential environment, it may cause radio  interference. If radio interference occurs, the user may be required to take appropriate measures.   This device contains high pressure gases.   If there is gap between gas bottle and regulator do not use or fill this bottle. Place this bottle on ground  on an isolated safe place to let the gas bottle to fully degas.    This device contains electronics.   This device contains heating elements.   Do not change heating device type settings from heat plate controller.   Do not replace any parts of the device or its components.   This device is intended to use in research only.   Device should be only used by technically qualified person.   Device must be used according to manual instructions, if usage deviates from the instructions the  performance can be harmed.   If any damages appear, the device should not be used.   If unusual performance occurs, such as deformation, discoloration, abnormal sound or smell, or abnormal  heating stop using the device and contact the provider.   If any liquid leaks from interior battery do not touch the fluid.   Always transport the device with care and do not drop or apply any shock or vibrations to the device.   Always place device on robust and stable surface.   Some parts of the device can reach high temperatures, thus do not touch these parts. ...
  • Page 6      CAUTION: Asphyxiation Risk The  OxyGenie™  uses  Nitrogen  (N )  and  Carbon  Dioxide  (CO )  as  part  of  normal  use  with  the  volume  released externally is inconsequential. In the event of a leak or malfunction this gas release may become  excessive. DO NOT OPERATE this unit in a SMALL ENCLOSURE such as a small room or walk‐in closet. An  accidental  release  of  Nitrogen  or  Carbon  Dioxide  could  create  an  asphyxiating  atmosphere  in  a  small ...
  • Page 7: Regulatory Compliance

         REGULATORY COMPLIANCE  European Region    This  product  complies  with  the  essential  EEA  requirements  for  Electrical  Safety  and  Electromagnetic  compatibility  as  set  out  in  the  EMC  Directive  2014/30/EU,  the  Low  Voltage  Directive  2014/35/EU  and  hazardous substances (RoHS) Directive 2011/65/EU has been tested and found to comply in full.      For details on standards tested refer to the DoC Certificate.      WEEE:    ...
  • Page 8: Symbols

      the Hazard.  Warning, this equipment contains high voltage circuitry.      Contains material or substances that may be hazardous to human health. Please  refer to your local biohazardous material handling procedure for further advice on  the handling and disposal of these items.   OxyGenie™  contains  hazardous  components  and  must  not  be  disposed  of  at  a  household  waste  site.  Instead  it  should  be  taken  to  the  appropriate  collection  point for the recycling of electrical and electronic equipment.  USB socket  Date of manufacture in format  07/2019 MM/YYYY  Table 1: List of Symbols  7 ...
  • Page 9: Transport And Storage

         TRANSPORT AND STORAGE  When not in use, the OxyGenie™ must only be stored within a temperature of between 0°C and 30°C  Storage outside of this range may cause damage.      ENVIRONMENTAL OPERATING CONDITIONS  The OxyGenie™ should only be operated under the following environmental conditions:   Temperature – Between 15⁰C and 30⁰C   Humidity – Between ambient and 90% RH, Non‐Condensing  The OxyGenie™ must be located in a well‐ventilated area.        8   ...
  • Page 10: Oxygenie™ Overview

         OXYGENIE™ OVERVIEW  Background  OxyGenie™ is a mini‐incubator for cell culture studies. Gas bottles containing different gas mixtures will allow you  to control gas environment inside the cell culture structures. With this device, oxygen levels can be controlled while  pH and temperature parameters are maintained stable.      1.  8.    2.    9.    4.    10.      11.  5.    6.    12.      OxyGenie™:  Heat plate  Device power switch/battery and power  6‐well flow divider  display  Open/close bottle valve (separate for each  Cover  gas bottle)   Lid Lock  Gas channel selection valve  10. Lid ...
  • Page 11: How To Use Oxygenie

         HOW TO USE OXYGENIE™  Check/switch gas  Prepare device bottles •Select gas bottle from bottle  selection valve and open the  •Check gas volume bottle valve •Let system equilibrate      Prepare cells Check the device Add structures to  6‐well flow divider  •Assemble 1‐well  •Check the valves structure  •Check the heat plate •Check the covers components and add  •Check that the device is  •Connect flow divider  cover charging gas tubes to covers       10   ...
  • Page 12: Power Supply

         POWER SUPPLY    Use only the power supply provided with device.    Note that device charges battery only when turned on.    Battery life of this device is about 2 hours.       Press grey switch button for 3 seconds to turn on the  device. (In picture)  Press heat plate controller switch button to turn on  heat plate. (See heat plate controller)  Beep test is disabled in this device.    To shut down the whole device, switch off heat plate  from  the  controller  switch  button  and  press  grey  switch button for 3 seconds.    Figure 1: Power Supply      Power display messages    Device  Low  battery,  Power off  performs  quick  put  device  on   ...
  • Page 13: Gas Bottle Fitting

         GAS BOTTLE FITTING  Do not attach any components or fill gas bottles until you have read and understood all of these instructions.   Always wear eye protection and heavy gloves when handling high pressure gases.  Always point every air systems in safe direction away from yourself and others while degassing and  filling the gas bottles.  Do not fill bottles with gas mixtures containing oxygen more than 21% at any circumstances.  Do  not  use  compressed  air  or  other  particle  and/or  moisture  contaminated  gasses  at  any  circumstances.  Always check that all your components are unharmed without any visible fractures and flaws (see page  10)  Do not use excessive force when handling any of components or filling stations.  Do not fill the bottles more than 1500 PSI at any circumstances.       Note that gas bottles can not be filled with more than pressure contained in your filling gas cylinder.  Always mark the gas composition in your gas bottles.      Fill station must be purchased separately. Without filling station bottles are not possible to be filled.   Filling gas cylinders must be purchased from local gas supplier. Ask the right fitting for the cylinder threads  from your local gas supplier. Threads in the filling station is ¼” NPT male threads. Make sure that the  fitting is with correct threads for the cylinder. Cylinder threads are different in different countries. Ask  safety instructions from local gas supplier.  Filling gas cylinder must be properly secured from inclining or falling before attaching filling station to it.  Confirm that fitting is compatible with your fill station.    ...
  • Page 14: Figure 3 - Filling Station To Gas Cylinder

           WARNING! Always operate on completely empty filling station.  Tighten the filling station to gas cylinder. Make sure it is properly  attached.  Make sure that filling station CONTROL KNOB is turned all the way  counter‐clockwise. Do not use force to operate the knob. Open  gas cylinder slowly and let the pressure flow to the filling station.   BULK gauge shows pressure left in filling gas cylinder.  OUTPUT gauge show pressure that will be dispensed to your gas  bottle.  Figure 3 – Filling station to gas cylinder  Dispensed  pressure  can  be  adjusted  by  the  output  pressure  ADJUSTMENT SCREW. Pressure can be set by turning the screw  with 3/16 inch Allen key. By turning clockwise the output pressure will rise and counter‐clockwise it will  decrease. After you have set the desired pressure (maximum 1500psi), let air out by turning control knob  and you will notice that the output pressure changes from set value. Repeat this pressure adjustment and  air  release  cycle  until  the  pressure  reaches  desired  value  after  the  air  is  released.  This  venting  step  is  important especially when values are set to lover range. Check the unit ALWAYS before use, because the ...
  • Page 15: Gas Bottles

         GAS BOTTLES  4.  1.  7.  8.  5.  2.  6.  WARNING!  3.  If  there  is  gap  between  gas  bottle  and  regulator,  do  not  use  or  fill  this  bottle. Place this bottle on  ground on an isolated safe  place  to  let  it  fully  degas  and contact provider.           ...
  • Page 16: Gas Bottle Assembly

      GAS BOTTLE ASSEMBLY    2.  1. Tighten gently gas bottles to places indicated by numbers 1 and 2.  Do not use excessive force to tighten the bottles.  2. Open only one bottle valve (#2 in the picture) by turning gently all  the way to the left. Do not use excessive force.   1.  3. Turn  the  gas  channel  selection  valve  to  correct  position.  Pointy  head indicates which bottle valve is open.   Note that only one bottle can be open at a time.  3.  Figure 6 ‐ Gas bottle assembly    CHANGING THE GAS BOTTLE  1.
  • Page 17: Gas Cylinder Adapter

    Gas  cylinder  adapter  allows  gas  to  be  fed  from  larger  gas  cylinders,  thus  allowing  prolonged  experiment  time  without  changing  gas  bottles.  Attach  the  adapter  same  way  as  gas  bottles  are  attached to the device.   Attach 4  mm (5/32“)  polyurethane  tubing between  adapter  and  gas cylinder  regulator. Attach  gas  cylinder adapter to device and adjust gas cylinder regulator to 1 bar. Make sure that bottle valve is  open and gas channel is selected correctly.  Note! The OxyGenie™ bottle valve cannot close the gas flow. Gas flow must be closed from the gas  cylinder regulator.  User must purchase tubing, cylinder regulators and gas cylinders from other providers.       ...
  • Page 18: 1-Well Assembly And Cell Cultivation

      1‐WELL ASSEMBLY AND CELL CULTIVATION    Always use new and sterile 1‐well structures.    1‐well structures, lids and lid locks, covers and cover locks are compatible with autoclave, EtOH and    short term UV sterilization.         1‐well structure bottom can be coated before culturing cells. Cells can be  cultured in these structures by following regular protocols.  How to prepare structures to OxyGenie™:   Add in cell culture medium and other necessary substances.  ! Optimal volume for substances is 1 ml.   Place the lid over the 1‐well structure.  ! Make sure it fits correctly.                Place the lid lock around the 1‐well structure and the lid.  ! Make sure it grips the lid tightly and correctly around the structure.            4. When all these components are placed correctly, the cover can be  added to encase the whole 1‐well structure.      17   ...
  • Page 19: Cover

    1. Place  cover  lock  on  the  groove  of  1‐well  structure  so  that  little  shoulder is upwards    2. Place  the  cover  on  top  of  the  1‐well  structure.  The  cover  lock  will  allow the cover squeeze tightly around silicone structure.    3. Make sure the cover is pushed to the bottom.    1‐well structures are now ready to be assembled to OxyGenie™.     If covers are not adjusted all to way to the bottom, they may leak and    affect to the gas concentrations inside the cell culture.    Tip: Use very thin layer of silicone grease in  the  lip  of  the  cover  [1].  That  will  help  the ...
  • Page 20: Adding 1-Well Assembly To System

      ADDING 1‐WELL ASSEMBLY TO SYSTEM    Before  adding  1‐well  assembly  to  the  OxyGenie™  system,  make  sure  that  you  have  a  correct  gas  composition and enough gas in the bottles. Also check that bottles/gas cylinder adapter are properly  assembled.    Confirm that the covers are assembled correctly.     6‐well flow divider can be wiped with 70% EtOH.   Ensure that the gas bottles are open and gas is flowing.   Tip:  Tubes  coming  from  flow  divider  can  be  submerged  in  small  amount of EtOH (e.g. in small centrifuge tube) and check that bubbles  come out to ensure gas flow.  ...
  • Page 21           6‐well flow divider can be separated from the heat plate  by opening locks.  The 6‐well flow divider can be lifted and separated from  the rest of the system.     Gas flow and temperature are maintained as long as gas  is connected and flow divider is resting on the heat plate.     Length of these tubing and wires are 1,5 m.                    20   ...
  • Page 22: Heat Plate By Okolab

      HEAT PLATE BY OKOLAB  Heat  plate  is  controlled  with  separate  controller  unit,  H401‐T‐CONTROLLER  (Okolab).  Setting  are  initially in default temperature 37 °C and when device is turned on controller starts to reach this set  point.  Few quick tips and pictures are collected from Okolab H401‐T‐CONTROLLER Temperature Controller  User’s Manual. For more information see Okolab user manual from their webpage.    port Temperature temperature sensor port  data log  Power cord          21   ...
  • Page 23   How to plug in temperature sensor:      How to plug in USB drive:        22   ...
  • Page 24: Homepage

      User can define Status LED  device name from   settings  Return to homepage   Homepage  Temperature Heatplate set point  options and settings   Current temperature Overview value  page     Switch display   Temperature mode  from external   temperature temperature within time...
  • Page 25: Status Led Colours

        Status LED colours  There  is  a  colourful  dot  on  the  touch  screens  homepage  and  colourful  led  on  top  of  the  screen  indicating the state of the heat plate.  Green indicates that set‐point have been reached and system  is  working properly. The set  point is defined with tolerance that you have set.  Yellow indicates that system is working towards reaching set point. No actions is required and  this appears every time you change the set point temperature.  Orange indicates that the current temperature value is out of tolerance defined in the alarm  settings.  Controller  triggers  alarm  and  will  start  work  toward  recovery  from  out‐of‐range  value. Check your device for misplacements. ...
  • Page 26: Settings; Devices

      Settings: Devices  This  menu  allows  to  control  heating  device  type,  name of the device and maximum heating rate.          Type:  The heating device type is initially defined as Glass plate square. This is device 1.  Device 2 is initially defined as None.  WARNING do not change heating device type from  device 1. (Glass plate square) or device 2. (None).    If these settings are changed it will cause error to  device function and possibly cause danger to user.          Label:  This  menu  will  allow  user  to  change  the  device  name. ...
  • Page 27: Settings; Calibrations

        Ramp rate:  This  menu  allow  user  to  define  maximum  heating rate for the heat plate.  Select the maximum heating rate from slide bar  or + or – and press save.     WARNING If heating ramp rate is defined in high  values, this may lead heating device overshoots  and  the  temperatures  can  reach  significantly  higher value than defined set value.            Settings: Calibrations  This  menu  calibrates  heating  device  and  temperature sensor.    User  is  recommended  to  calibrate  heating  device ...
  • Page 28 Letter  behind  Offset  value mark for automatic calibration (A) or manual  calibration (M). Calibration provides offset value that  marks  the  temperature  difference  between  liquid  inside 1‐well structure and the heat plate.     The  external  temperature  sensor  is  provided  with  OxyGenie™ device. This sensor can be immersed in  water and oil.     How to calibrate:   Click Heating device   icon.  Always  select  Device  1  (  Device  2.  is  disabled) ...
  • Page 29   Automatic calibration:  With this procedure heat plate temperature is  modified  until  the  temperature  of  the  liquid  inside  1‐well  structure  reaches  set  point  and  remain  stable  within  user  defined  tolerance  range (accuracy).    After completing steps 1‐7 click “Auto”.  If password is set that has to be inserted before  continuing to name typing.  If  password  is  not  defined,  procedure  will  continue straight to name typing.    Type  in  name  that  can  be  later  to  be  used  to  track down calibrations. ...
  • Page 30   Automatic  calibration  is  successful  when  the  display shows offset value.  After  calibration  detach  temperature  sensor  from  1‐well  structure  and  start  using  the  device.  The touch screen is possible to be used while  calibration  is  ongoing.  Calibration  procedure  compilation screen will appear automatically.      Manual calibration:  This  procedure  modifies  manually  the  heat  plate  temperature  until  temperature  sensor  reaches set point value.  ...
  • Page 31   After calibration detach sensor from 1‐well structure and start using the device.  If  room  temperature  changes  more  than  1°C  during  calibration  the  calibration  will  not  be  successful. Accuracy in the liquid will not be achieved by ± 0.3°C.  Direct air drafts to device will prevent successful calibration.    Previous calibrations  Previous calibrations are saved and by clicking  “Log” list of previous calibrations is shown.  Click certain calibration row to view. That value  can be used to the device by clicking yes.   By  clicking  “To  USB”  calibration  data  can  be  downloaded to USB drive.  By clicking “Erase” calibration data is deleted.  For  this  function  it  is  possible  to  define  password. ...
  • Page 32   Temperature sensor calibration  Click T sensor   icon  Temperature  sensor  is  calibrated  initially  at    35.0 °C, 37.0 °C and 40.0 °C.  Factory  settings  can  be  seen  by  clicking  “Factory”.      Re‐calibration of temperature sensor:  1. Set water bath to the set point temperature  used during experiments (37 °C most of the  time).  2. Immerse temperature sensor to water bath  with a certified thermometer.  3. Type  in  the  temperature  value  from  thermometer  by  pressing  pencil   ...
  • Page 33: Settings; Data Logging

      Settings: Data logging  Calibration  data  and  temperature  data  can  be  stored  to  device  internal  memory  or  directly  to  USB drive.  To log data to internal memory:  1. Click Logging  icon. From Log subpage  click “Internal memory”.  2.  Click pencil  icon to set logging interval  in range of 1‐60 seconds.  3.  Choose  how  the  data  is  split  into  files.  If  “Day”  mode  is  chosen,  each  day  temperature data is stored in separate file. ...
  • Page 34           6. By pressing screwdriver icon, the logging  starting  date,  available  memory  and  latest  download can be seen.    Available  memory  is  dependent  on  logging  time.  You  can  save  internal  memory  by  decreasing logging time interval.                  To save data to USB drive:  From  subpage  clicked  from  screwdriver icon saved data is possible to download to USB ...
  • Page 35   Log data to USB drive:  1. USB pen drive must be connected to the back  of  the  device.  (See  page  20)  USB  drive  icon   activates  in  the  homepage  when  connected.     2. Click  Logging icon.  From  Log  subpage  click “USB pendrive”.  3. The  device  reminds  that  USB  drive  must  be  connected at all time during logging.  4.  Click pencil  icon to set logging interval in ...
  • Page 36: Settings; Alarms

      Settings: Alarms  Alarm  can  be  set  to  inform  if  temperature  deviates  from  set  point  for  defined  period  of  time. Alarm can be beside visual also audible.  Click alarms   icon to set alarm:  1. Define the time that heat plate temperature  may  remain  outside  allowed  tolerance  before triggering alarm.  2. Define  the  tolerance  value  which  temperature cannot go over or below.  3. Define transient time meaning the time that  system  can  take  to  reach  a  new  set  point  without triggering the alarm.  ...
  • Page 37: Settings; Display

      Settings: Display    Click  display  icon  to  access  display  menu.   From  option icon  the  time  frame  for  minimum  and  maximum  temperature  displayed  in  homepage  can  be  modified.  Also  from this subpage touch screen sound can be  disabled and sound frequency can be modified.  After adjustments press “Save”.  From  brightness  icon  display  brightness  can  be  modified.  After  adjustments  press  “Save”. ...
  • Page 38   From  Date  &  time    icon  date  and  time values can be set. Time can be displayed  either 24 or 12 h format. After setting time and  date press “Save”.   From  visual  effects    icon  top  led  and  glance mode settings are controlled.  Top  LED  settings  control  when  the  top  led  is  illuminated.  “Never”  settings  will  disable  top  led,  “On  Alarm”  led  will  illuminate  only  when  device is on alarm status and “Always” setting ...
  • Page 39: Settings; Password

      Settings: Password    Password  is  possible  to  set  for  following  procedures:  ‐ Heating devices calibration procedures  ‐ Temperature sensor calibration  ‐ Data download  ‐ Data erase  To set password click password icon.  Flag password enable to enable password.  Default password is okolab.  To set password click change password and follow instructions.      38   ...
  • Page 40: Settings; Summary

      Settings: Summary  The  summary  page  reports  technical  information  and  summary  about  the  Okolabs  heating device settings.     39   ...
  • Page 41: Checklist

      CHECKLIST    4. 5.         1.          3.            1. Check the gas bottles. Make sure there are enough gas and correct gas composition.  2. Check that correct gas bottle valve is open and the other is closed.  3. Check that the gas bottle selection valve is pointing to the correct position.  4. Check that 6‐well flow divider is resting right above the heat plate  5. Check that covers are adjusted tightly around the 1‐well structures.  6. Check settings for heat plate.  System is now ready to use. When possible keep device on charging. If the battery is fully charged the  whole system is portable and will maintain all functions with a battery life of 2 hours.          40   ...
  • Page 42: Warranty Information

      WARRANTY INFORMATION  Ruskinn  Technology  Limited  warrants  for  the  applicable  time  period  that  the  OxyGenie™  will  substantially perform in accordance with the user documentation. The terms of this Agreement do  not affect or prejudice the statutory rights of a consumer acquiring the Ruskinn Technology Limited  OxyGenie™ otherwise than in the normal course of a business.  THIS WARRANTY DOES NOT APPLY IN THE FOLLOWING CIRCUMSTANCES:  (A)  IF  THE  Ruskinn  Technology  Limited  OxyGenie™  HAS  BEEN  REPAIRED  BY  PERSONS  NOT  AUTHORIZED BY Ruskinn Technology Limited; OR  (B) THE Ruskinn Technology Limited OxyGenie™ and associated accessories/peripherals HAVE BEEN  ALTERED, MODIFIED, OR MISUSED; OR  (C)  THE  Ruskinn  Technology  Limited  OxyGenie™  IS  USED  WITH  NON‐  Ruskinn  Technology  Limited ...
  • Page 43: Disposal Information

      DISPOSAL INFORMATION  OxyGenie™ contains hazardous components and must not be disposed of at a household waste site.  Instead  it  should  be  taken  to  the  appropriate  collection  point  for  the  recycling  of  electrical  and  electronic equipment. Alternatively, please contact your local distributor for disposal instructions.    OxyGenie™ contains recyclable parts. Please contact your local distributor for more advice      42   ...
  • Page 44: Contact Details

      CONTACT DETAILS  Ruskinn Technology Limited  Address:    8 & 9 York Park,  Bridgend Industrial Estate  Bridgend CF31 3TB  United Kingdom  Phone:        +44 (0)1656 645988  Fax:        +44 (0)1656 667966  Email:      Sales:   sales@bakerruskinn.com    Technical support:   techsupport@bakerruskinn.com    General enquiries:   ruskinnoffice@bakerruskinn.com  Website:      www.bakerruskinn.com   YouTube channel    http://www.youtube.com/ruskinntechnology  Ruskinn Technology Limited is a registered company in United Kingdom, company number 05692599  Ruskinn Technology Limited is VAT registered in United Kingdom, VAT number 870194126  Ruskinn Technology Limited is a wholly owned subsidiary of The Baker Company   ...

Table of Contents